Історія зі всесвіту NieR: Automata! Отримавши відмову на запит про скасування операції, героїні загону YoRHa змушені без надії на успіх продовжувати її виконання. Під час неминучої битви з машинами їх дивом урятував інший загін — залишки сил спротиву, що спустилися на Землю двісті років тому. Спершу сили спротиву вважали YoRHa потенційними ворогами, утім, усвідомивши скрутне становище обох загонів, вони вирішили об’єднатися задля успішного виконання операції.